カスタムモジュールを一括で処理したいとなったとき、例えば自分の今回の例では「特定のクラスを持ったカスタムモジュールの場合、Booleanフィールドを追加してクラスをON/OFFしたい」という場合。
最初はCMS Templates API辺りの組み合わせで自動処理しようと思っていたが、どうやらCMS Templates APIではカスタムモジュールは除外されているらしい。
幸いカスタムモジュールはHubSpot FTPにてダウンロード・アップロードが可能なので、そちらを駆使して自動処理とはいかないものの、デザインマネージャーで1つずつカスタムモジュールを開いては手動編集するよりはだいぶ効率的に作業を行うことができた。